מיקרוסקופ אלקטרונים חודר (transmission electron microscopy, TEM) הוא מיקרוסקופ המבוסס על קרן אלקטרונים החודרת דרך דגמים דקים מאוד. המיקרוסקופ שייך למשפחת מיקרוסקופי האלקטרונים. קרן האלקטרונים החודרת את הדגם עוברת איתו אינטראקציות שונות בעודה עוברת דרכו. ניתן למקד את קרני האלקטרונים שעברו דרך הדגם, להגדיל את הדמות המתקבלת ולהקרין אותה על אמצעי דימות, כגון מסך פלורסצנטי, סרט צילום, או חישן כגון CCD.